AQUACULTURE BIOINFORMATIC

Tema posting kali ini masih terkait BIOINFORMATIKA pada posting saya sebelumnya. Jika pada posting sebelumnya, saya mengangkat pengulasan tentang aplikasi PCR yang penerapannya terkait dengan sekuensing DNA dan selanjutnya terus dilakukan perkembangan teknologi biologi molekuler. Kali ini saya mengulas salah satu contoh lain dari penggunaan teknologi biomolekuler yang diterapkan dengan sistem bioinformatika terkait dunia perikanan-akuakultur- yaitu DNA marker atau penciri DNA. DNA marker adalah susunan DNA yang digunakan untuk pembeda individu/populasi satu dengan lainnya. Melalui penggunaan teknik molekuler, contoh penciri DNA yang sangat populer adalah minisatelit, mikrosatelit, VNTR, STS, SSCP, RAPD, dll. Selengkapnya KLIK. 

Upaya-upaya tersebut dilakukan dalam akuakultur dilakukan untuk peningkatan produksi dan hasil yang optimal. Berikut ini jurnal yang saya ulas "Microsatellite DNA polymorphisms and the relation with body weight in sea cucumber (Aphostichopus japonicus)". Teripang (Apostichopus japonicas) merupakan spesies ekonomi penting di Cina. Korea, jepang hingga rusia. Hal tersebut mendorong adanya upaya lebih lanjut untuk terus meningkatkan produksi dari budidaya teripang ini. 

Dengan adanya PCR, teknologi DNA mikrosatelit sebagai penanda genetik meningkat. Namun studi DNA mikrosatellit pada terima masih sedikit.dalam penelitian ini terkait korelasi antara polimorfisme mikrosatelit terhadap biomassa,untuk identifikasi tanda-tanda genetic pada spesies tsb. Bahan yang digunakan adalah dua populasi induk A. japonicas dari dua tempat. Populasi I dari phytotrone Lab. Pertanian Perikanan Univ. Dalian. Populasi II dari phytotrone Group Perikanan Pulau Zhangzi. Kedua populasi dibudidayakan indoor, pada kolam semen. Metoda yang dilakukan juga menggunakan PCR. Produk PCR yang dihasilkan kemudian disesuaika dengan urutan data dari NCBI. Setelah proses selasai, data diproses secara analisis statistic. Hal tersebut dilakuakn untuk membuat data matriks yang dijabarkan menggunakan perangkat lunak yaitu Popgene 1.32. Matriks mikrosatelit kemudian dianalisis  dengan pengamatan jumlah alelnya.

Hasil yang didapat dari interaksi mikrosatelit dan biomasa A. japonicus yaitu dengan lokus AJ02 dan AJ04 lokus signifikan berkorelasi dengan biomasa  pada kedua populasi namun pada lokus AJ07 dan AJ09 hanya pada populasi A berkorelasi, sementara pada populasi B tidak berkorelasi. Hal tersebut bisa didasari karena latar genetik kedua populasi tersebut berbeda.

Kesimpulan yang didapat 7 lokus yang dikembangkan memiliki nilai nilai PIC >0,5. Yaitu AJ02 dan AJ04, dan dapat digunakan sebagai DNA marker untuk calon induk yang baik. Selain itu penelitian ini juga telah memberika informasi baru untuk biomolekuler pada pengembangbiakan A. japonicas kedepannya. selengkapnya dapat dilihat pada >>> jurnal.

 

sumber:

http://www.muladno.com/book.pdf

http://dickorastarollia.blogspot.com

http://www.springerlink.com

http://id.wikipedia.org

bioinformatika (II)

Materi ini masih terkait dengan  bioinformatika, bioinformatika merupakan aplikasi teknologi komputer untuk manajemen informasi biologi. Komputer berfungsi untuk mengumpulkan, menyimpan, menganalisis dan mengintegrasikan informasi biologis dan genetik yang kemudian dapat diterapkan pada gen berbasis penemuan obat dan pengembangan (Uraian selengkapnya). berbicara tentang bioinformatika dalam bidang akuakultur terkait dengan gen atau analisis DNA kultivan dan penyakit yang paling meresahkan adalah disebabkan oleh virus

 Salah satu contoh aplikasi yang sering sekali diterapkan adalah penggunaan PCR pada pendeteksian penyakit pada udang, yang merupakan kultivan ekonomis penting. Bioinformatikan tidak hanya diterapkan dalam aplikasi PCR. Namun yang saya ulas kali ini meliputi upaya lain dalam penyediaan induk yang baik agar dapat menghasilkan keturunan atau produk benih yang unggul. Jurnal yang saya coba ulas kali ini berjudul “Skrining Induk Udang Windu dengan Analisis PCR dalam Rangka Menunjang Program NSBC”.

Skrining dilakukan untuk pemeriksaan terhadap suatu sampel untuk mengetahui karakteristik tertentu atau penyakit tertentu sehingga sampel objek dapat diperkirakan mengidap atau tidak mengidap penyakit. Hal tersebut dilakukan dalam upaya pengendalian penyakit. Seperti yang kita ketahui, dalam budidaya udang identik dengan serangan WSSV. Sehingga pada jurnal tersebut diterapkan budidaya udang secara tertutup untuk memutus siklus hidup virus, dan menggunakan benih SPF (Specifis Pathogen Free). Dalam penelitian ini BBPBAP Jepara sebagai UPT dipilih sebagai sentra pembenihan udang secara nasional. dan untuk mendapatkan benih yang sehat atau bebas virus dilakukan skrining dimulai dari induk. metode yang digunakan iyahlah pengambilan sampel hemolimfe dari udang yang baru datang (sampel diambil dari beberapa lokasi :NAD, Pangadaran dan NTB) sebanyak 2ml per indiv. dengan menggunakan nested PCR (seperti yang telah dijelaskan pada posting saya sebelumnya tentang keunggulan nested PCR). Tahapan yang dilakukan meliputi :1.Preparasi DNA dengan fenol (standart OIE 2003, chapter 4.1.2); 2. preparasi untuk amplifikasi PCR ; 3. elektroforesis. Hasil yang didapat adalah sampel udang windu NAD paling sedikit terdeteksi WSSV, dibandingkan dengan sampel dari daerah lainnya. jadi untuk induk yang baik dengan SPF, dapat digunakan induk yang berasal dari NAD, karena ketahanan terhadap virus relatif lebih baik. untuk prosedur secara lengkap dapat dilihat pada  JURNAL. 

sumber:

http://bestbuydoc.com

http://destianingrum.blogspot.com/2011/11/bioinformatik.html

http://www.google.co.id

http://puguh90.blogspot.com

http://www.rca-prpb.com

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/71084652.pdf

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/17088597.pdf

SIG,INDRAJA terkait bidang PERIKANAN

Bahasan materi yang dapat dibagi kali ini adalah seputar SIG, INDRAJA serta peranannya terkait bidang perikanan. Apakah yang dimaksud SIG? INDRAJA?...Berikut saya mencoba untuk sedikit memaparkan dan memberikan contoh terapannya.

SIG (Sistem Informasi Geografis) merupakan sebuah sistem yang penerapannya terkait dengan teknologi spasial atau geografi yang berorientasi pada penggunaan data spasial dan dipadukan dengan data teks.  

Menurut Aronaff, 1989.

SIG adalah sistem informasi yang didasarkan pada kerja komputer yang memasukkan, mengelola, memanipulasi dan menganalisa data serta memberi uraian : sumber.

Uraian selanjutnya dari SIG sendiri kini kian berkembang, dan dapat dilihat pada link ini.

 INDRAJA atau lebih dikenal dengan pengindraan jarak jauh merupakan ilmu atau cara merekam suatu objek tanpa kontak fisik menggunakan alat pada pesawa terbang, balon udara, satelit dsb. Referensi indraja menurut para ahli dapat dilihat pada link ini.

                                 

Berikut adalah sebuah jurnal yang merupakan contoh dari peranan SIG, INDRAJA pada bidang PERIKANAN >>>> jurnal

Jurnal tersebut berjudul "Pemanfaatan Pengindraan Jarak Jauh dan Sistem Informasi Geografis untuk Manajemen Sumber Daya Perikanan Budidaya di Indonesia''.

ulasan : Perikanan budidaya di Indonesia memiliki potensi besar, karena didukung oleh letak geografis dari wilayah indonesia sendiri. pada perkembangannya saat ini perikananan budidaya (selanjutnya saya sebut akuakultur) memberika dampak yang signifikan terhadap lingkungan dan sumber daya alam yang ada (konversi lahan, kerusakan ekosistem, hingga konflik kepentingan golongan atau pribadi). tentunya hal-hal tersebut perlu diperhatikan dengan adanya perencanaan dan pengelolaan yang baik untuk keberlanjutan kegiatan akuakultur tersebut. peranan indraja dan SIG adalah data yang dihasilkan berupa data digital, pemantaua dapat dilakukan berulang, cakupan lokasi luas, data yang diperoleh lebih banyak dan lebih detail dibanding dengan data yang diambil secara lapang. kontribusi SIG dan indraja adalah dalam penentuan wilayah budidaya atau lokasi, kualitas perairan serta infrastruktur perikanannya. 

Terapan SIG terdapat 2 jenis format data yang dapat diintregasikan ke dalam SIG yaitu vektor dan raster, data tersebut berbeda dalam tampilan dan penyimpanannya. tahapan analisis SIG dimulai dari identifikas tujuan penelitian, formulasi rencana, membuat framework analisis, mencari sumber data, menyusun dan manipulasi data input, analisis data dan verikasi output kemudian evaluasi. contoh perangkat lunaknya adalah vektor titik dan raster pixel. Sementara itu tahapan umum dari proses analisis data indraja dimulai dari penentuan topik, pengumpulan data, analisis data, hingga hasil analisis. salah satu contoh alat yang dekat penerapannya dengan akuakultur adalah GPS (Global Positioning System). GPS diguanakan untuk pemetaan lokasi sebuah wadah budidaya, misalkan untuk lokasi tambak. saat ini pun telah banyak berkembang perangkat lunak untuk mendukung analisis data indraja,contohnya ERDAS emagine (komersial), spring (free) dll.

Aplikasi dari SIG dan INDRAJA berupa penerapan : pemetaan perubahan lahan, pemantauan linkungan, pemetaan kelayakan lahan. pemilihandatanya tentu saja bergatung kepada topik yang diambil, demi keberlangsungan dan kelanjutan akuakulture.

sekian dari ulasan saya, kurang lebihnya mohon maaf..selengakpanya dapat dilihat pada jurnal.......semoga bermanfaat :)

sumber:

http://e-dukasi.net/

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/31088191.pdf

http://mbojo.wordpress.com/2007/04/08/sistem-informasi-geografi-sig/

Aquaculture_news letter

Aquaculture news letter merupakan media informasi mengenai ilmu kelautan dan perikanan. Hal-hal terkait dengan aquaculture dibahas didalamnya. semoga bermanfaat, selengkapnya dapat dilihat dengan klik : Aquaculture_news letter 

Bioinformatika

         Apa yang dimaksud bioinformatika??fungsi dan keterkaitannya dengan ilmu biologi dan informasi??. Sebelumnya bioinformatika ini terkait dengan posting sebelumnya yaitu NCBI yang merupakan salah satu aplikasi dari bioinformatika yang dibahas kali ini. Ulasan berikut diharapkan dapat membantu memberi informasi secara ringan dan mudah dimengerti tentang materi bioinformasi, mengenai penjelasan dan fungsinya serta dapat bermanfaat bagi pembaca sekalian.

Bioinformatika adalah aplikasi teknologi komputer untuk manajemen informasi biologi. Komputer berfungsi untuk mengumpulkan, menyimpan, menganalisis dan mengintegrasikan informasi biologis dan genetik yang kemudian dapat diterapkan pada gen berbasis penemuan obat dan pengembangan. Kelompok bioinformatika terdiri dari ahli biologi komputasi dan bioinformatika ilmuwan computer (lembaga pemerintah, perusahaan farmasi dan pihak intelektual universitas). Kelompok-kelompok tersebut menjadi kunci untuk mempublikasikan informasi akurat dari data penelitian laboratorium di seluruh dunia. Kegiatan yang dilakukan adalah analisis dan organisasi untuk informasi. Dalam bioinformasi salah satu kontribusi penting adalah pengurutan data base yang telah dibuat untuk ilmu kehidupan. Singkatnya Bioinformatika adalah disiplin teknologi ilmu yang relatif muda yang menjembatani ilmu kehidupan yang meliputi biomolekuler dan ilmu komputer.

Apakah bioinformatics tools???

Bioinformatics tools adalah program software untuk menyimpan, mengambil dan analisis data Biologi dan penggalian informasi, yaitu: Homology and Similarity Tools, Protein Function Analysis, Structural Analysis, Sequence Analysis. Alat penting bioinformatika yang digunakan dalam akuakultur adalah

*BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) : untuk membandingkan urutan gen dan protein terhadap organisme dalam database public.

*FASTA : sebuah alat pencarian database yang digunakan untuk membandingkan urutan nukleotida atau peptida ke database urutan.

*EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) : perangkat lunak dengan sumber bebas, terbuka, serta paket analisis khusus dikembangkan untuk kebutuhan komunitas pengguna biologi molekuler. Dalam emboss terdapat sekitar 100 program untuk sequence aligment, pencarian database dengan pola urutan, identifikasi protein dan analisis domain, analisis pola urutan nukleotida, analisis untuk penggunaan kodon genom kecil, dan banyak lagi.

*Clustalw berfungsi sebagai program beberapa urutan  keselarasan umum untuk DNA atau protein.

*RasMol : alat penelitian akurat untuk menampilkan struktur DNA, protein, dan molekul yang lebih kecil.

Cabang-cabang terapan bioinformatika: 1. Urutan analisis 2. Genom penjelasan 3. Komputasi evolusi biologi 4. Sastra analisis 5. Analisis ekspresi gen

6. Analisis peraturan 7. Analisis ekspresi protein 8. Pemodelan sistem biologis 9. Tinggi-throughput analisis citra 10. Interaksi Molekuler 11. Prediksi struktur protein

Masalah bioinformatika yang hadapi saat ini adalah pengaturan heterogenitas data dianalisis, beranotasi, dan ditampilkan serta kurangnya konektivitas antara data yang tersedia. informasi selengkapnya dapat dilihat pada link artikel berikut : Bionformatics in Fisheries 

Aplikasi dari bioinformatika dalam bidang akuakultur atau perikanan budidaya adalah kita dapat mencari database seperti bank data genetik, jika penelitian atau pengamatan kita merupakan materi terkait dengan genetik atau biologi molekuler. contohnya adalah aplikasi PCR yang sering digunakan untuk identifikasi patogen pada udang. Metode PCR menggunakan prinsip analisa DNA sequencing berbasis Sanger Method .

Gambar Proses Secuensing (http://sciencebiotech.net)

proses selengkapnya dapat dilihat pada Teknik DNA Secuensing, 2009. 

jurnal berikut adalah salah satu penerapan bioinformatika pada perikanan. jurnal tersebut mengenai SENSITIVITAS NESTED PCR TERHADAP DETEKSI DNA WSSV (WHITE SPOT SYNDROME VIRUS) PADA UDANG WINDU DAN VANAME. jurnal tersebut merupakan penelitian pembanding tingkat sensitifitas one step PCR denga nested PCR. hal tersebut dilakukan karena identifikasi wssv pada tingkat ringan menggunakan one step PCR tidak teridentifikasi. Deteksi DNA WSSV menggunakan metode one step PCR (PCR I) dan two step PCR (Nested PCR) dengan protokol dari Kit WSSV Nugen dan protokol secara manual. kemudian dilanjutkan dengan isolasi DNA udang, lalu amplifikasi DNA WSSV dilanjutkan dengan elektroforesis gel agarose. Keberadaan DNA WSSV dapat dideteksi dengan elektroforesis gel agarose setelah divisualisasikan dengan UV-transilluminator. sehingga didapat hasil bahwa penggunaan nested PCR mendapatkan hasil lebih sensitif terhadap wssv pada manual protokol maupun dengan penggunaan kit. Demikian ulasan yang bisa disampaikan, selanjutnya untuk keterangan lebih lanjut dapat didownload dengan mengklik judul jurnal tersebut :D.

Sumber :

http://aquafind.com/articles/Bioinfomatics-In-Fisheries.php

http://puguh90.blogspot.com/2010/07/wssv-tsv-dan-ihhnv-si-virus-lama-yang.html

http://sciencebiotech.net
http://www.scribd.com/doc/47098870/wssv
http://www.google.co.id

NCBI

Berikut ini sebuah artikel mengenai NCBI. Apakah NCBI tersebut??? serta kaitannya dengan akuakultur.

Tujuan

Artikel ini dibuat agar pembaca sekalian dapat mengetahui apa yang disebut ncbi melalui paparan penulis.

Pengertian NCBI

  NCBI adalah singkatan dari National Centre for Biotechnology Information, yaitu pusat nasional untuk kemajuan ilmu pengetahuan bioteknologi. NCBI merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. Akses cepat ke sumber daya yang digunakan oleh para ilmuwan NCBI untuk mengumpulkan dan menganalisis genom.

 National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM) yaitu sebuah cabang dari National Institutes of Health. NCBI didirikan pada tahun 1988, terletak di Bethesda, Maryland. NCBI diarahkan oleh David Lipman seorang tokoh yang dihormati di bioinformatika yang merupakan salah satu penulis asli dari program BLAST. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST co-penulis). David lipman, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif)

 NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

berikut adalah situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov.

Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Dari tools yang tersedia pada data base NCBI dapat mencari referensi peneliatian, dan mendukung materi lmiah sebuah penelitian. Keterkaitan perannya dalam akuakultur adalah penyediaan data baik jurnal penelitian atau artikel yang menyinggung bioteknologi molekuler makhluk hidup. Seperti pada identifikasi sebuah DNA ikan sehat dan ikan tidak sehat, identifikasi agent penyakit baru serta penemuan obat untuk mengatasinya. Contoh kasus dapat dilihat pada link berikut :

INFO IPTEK

Friday, October 8, 2010 Mengendus Pemalsuan Ikan lewat Analisis DNA

Di dalam http://www.ristek.go.id/

Kesimpulan

NCBI merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genom, dan menyebarkan informasi biomedikal yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi makhluk hidup dan kesehatannya. Hal tersebut memberikan informasi dan referensi sebuah penelitian terhadap perkembangan rekayasa akuakultur yang berkaitan dengan genetic dan identifikasi agent penyakit serta penemuan obat untuk mengatasi penyakit tersebut.

Sumber

http://en.wikipedia.org/wiki/National_Center_for_Biotechnology_Information

www.ncbi.nlm.nih.gov.

http://www.ristek.go.id/

testing...:)

grand opening my blog..............jadii mau testing dulu..... berikut foto yang diambil kurang lebih 1 tahun lalu sebagai pembuka blog dengan judul =mainer erfahrung nach= in english means my experience..hehe #iseng bgt