Tema posting kali ini masih terkait BIOINFORMATIKA pada posting saya sebelumnya. Jika pada posting sebelumnya, saya mengangkat pengulasan tentang aplikasi PCR yang penerapannya terkait dengan sekuensing DNA dan selanjutnya terus dilakukan perkembangan teknologi biologi molekuler. Kali ini saya mengulas salah satu contoh lain dari penggunaan teknologi biomolekuler yang diterapkan dengan sistem bioinformatika terkait dunia perikanan-akuakultur- yaitu DNA marker atau penciri DNA. DNA marker adalah susunan DNA yang digunakan untuk pembeda individu/populasi satu dengan lainnya. Melalui penggunaan teknik molekuler, contoh penciri DNA yang sangat populer adalah minisatelit, mikrosatelit, VNTR, STS, SSCP, RAPD, dll. Selengkapnya KLIK.
Upaya-upaya tersebut dilakukan dalam akuakultur dilakukan untuk peningkatan produksi dan hasil yang optimal. Berikut ini jurnal yang saya ulas "Microsatellite DNA polymorphisms and the relation with body weight in sea cucumber (Aphostichopus japonicus)". Teripang (Apostichopus japonicas) merupakan spesies
ekonomi penting di Cina. Korea, jepang hingga rusia. Hal tersebut mendorong
adanya upaya lebih lanjut untuk terus meningkatkan produksi dari budidaya
teripang ini.
Dengan adanya PCR, teknologi DNA mikrosatelit sebagai penanda genetik meningkat. Namun studi DNA mikrosatellit pada terima masih sedikit.dalam
penelitian ini terkait korelasi
antara polimorfisme mikrosatelit terhadap biomassa,untuk identifikasi
tanda-tanda genetic pada spesies tsb. Bahan yang digunakan adalah dua populasi
induk A. japonicas dari dua tempat. Populasi I dari phytotrone Lab. Pertanian
Perikanan Univ. Dalian. Populasi II dari phytotrone Group Perikanan Pulau
Zhangzi. Kedua populasi dibudidayakan indoor, pada kolam semen. Metoda yang
dilakukan juga menggunakan PCR. Produk PCR yang dihasilkan kemudian disesuaika
dengan urutan data dari NCBI. Setelah proses selasai, data diproses secara
analisis statistic. Hal tersebut dilakuakn untuk membuat data matriks yang
dijabarkan menggunakan perangkat lunak yaitu Popgene 1.32. Matriks mikrosatelit
kemudian dianalisis dengan pengamatan
jumlah alelnya.
Hasil yang didapat dari
interaksi mikrosatelit dan biomasa A. japonicus yaitu dengan lokus AJ02 dan
AJ04 lokus signifikan berkorelasi dengan biomasa pada kedua populasi namun pada lokus AJ07 dan
AJ09 hanya pada populasi A berkorelasi, sementara pada populasi B tidak berkorelasi. Hal
tersebut bisa didasari karena latar genetik kedua populasi tersebut berbeda.
Kesimpulan yang didapat 7
lokus yang dikembangkan memiliki nilai nilai PIC >0,5. Yaitu AJ02 dan AJ04,
dan dapat digunakan sebagai DNA marker untuk calon induk yang baik. Selain itu
penelitian ini juga telah memberika informasi baru untuk biomolekuler pada
pengembangbiakan A. japonicas kedepannya. selengkapnya dapat dilihat pada >>> jurnal.
sumber:
Tidak ada komentar:
Posting Komentar