Aquaculture_news letter

Aquaculture news letter merupakan media informasi mengenai ilmu kelautan dan perikanan. Hal-hal terkait dengan aquaculture dibahas didalamnya. semoga bermanfaat, selengkapnya dapat dilihat dengan klik : Aquaculture_news letter 

Bioinformatika

         Apa yang dimaksud bioinformatika??fungsi dan keterkaitannya dengan ilmu biologi dan informasi??. Sebelumnya bioinformatika ini terkait dengan posting sebelumnya yaitu NCBI yang merupakan salah satu aplikasi dari bioinformatika yang dibahas kali ini. Ulasan berikut diharapkan dapat membantu memberi informasi secara ringan dan mudah dimengerti tentang materi bioinformasi, mengenai penjelasan dan fungsinya serta dapat bermanfaat bagi pembaca sekalian.

Bioinformatika adalah aplikasi teknologi komputer untuk manajemen informasi biologi. Komputer berfungsi untuk mengumpulkan, menyimpan, menganalisis dan mengintegrasikan informasi biologis dan genetik yang kemudian dapat diterapkan pada gen berbasis penemuan obat dan pengembangan. Kelompok bioinformatika terdiri dari ahli biologi komputasi dan bioinformatika ilmuwan computer (lembaga pemerintah, perusahaan farmasi dan pihak intelektual universitas). Kelompok-kelompok tersebut menjadi kunci untuk mempublikasikan informasi akurat dari data penelitian laboratorium di seluruh dunia. Kegiatan yang dilakukan adalah analisis dan organisasi untuk informasi. Dalam bioinformasi salah satu kontribusi penting adalah pengurutan data base yang telah dibuat untuk ilmu kehidupan. Singkatnya Bioinformatika adalah disiplin teknologi ilmu yang relatif muda yang menjembatani ilmu kehidupan yang meliputi biomolekuler dan ilmu komputer.

Apakah bioinformatics tools???

Bioinformatics tools adalah program software untuk menyimpan, mengambil dan analisis data Biologi dan penggalian informasi, yaitu: Homology and Similarity Tools, Protein Function Analysis, Structural Analysis, Sequence Analysis. Alat penting bioinformatika yang digunakan dalam akuakultur adalah

*BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) : untuk membandingkan urutan gen dan protein terhadap organisme dalam database public.

*FASTA : sebuah alat pencarian database yang digunakan untuk membandingkan urutan nukleotida atau peptida ke database urutan.

*EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) : perangkat lunak dengan sumber bebas, terbuka, serta paket analisis khusus dikembangkan untuk kebutuhan komunitas pengguna biologi molekuler. Dalam emboss terdapat sekitar 100 program untuk sequence aligment, pencarian database dengan pola urutan, identifikasi protein dan analisis domain, analisis pola urutan nukleotida, analisis untuk penggunaan kodon genom kecil, dan banyak lagi.

*Clustalw berfungsi sebagai program beberapa urutan  keselarasan umum untuk DNA atau protein.

*RasMol : alat penelitian akurat untuk menampilkan struktur DNA, protein, dan molekul yang lebih kecil.

Cabang-cabang terapan bioinformatika: 1. Urutan analisis 2. Genom penjelasan 3. Komputasi evolusi biologi 4. Sastra analisis 5. Analisis ekspresi gen

6. Analisis peraturan 7. Analisis ekspresi protein 8. Pemodelan sistem biologis 9. Tinggi-throughput analisis citra 10. Interaksi Molekuler 11. Prediksi struktur protein

Masalah bioinformatika yang hadapi saat ini adalah pengaturan heterogenitas data dianalisis, beranotasi, dan ditampilkan serta kurangnya konektivitas antara data yang tersedia. informasi selengkapnya dapat dilihat pada link artikel berikut : Bionformatics in Fisheries 

Aplikasi dari bioinformatika dalam bidang akuakultur atau perikanan budidaya adalah kita dapat mencari database seperti bank data genetik, jika penelitian atau pengamatan kita merupakan materi terkait dengan genetik atau biologi molekuler. contohnya adalah aplikasi PCR yang sering digunakan untuk identifikasi patogen pada udang. Metode PCR menggunakan prinsip analisa DNA sequencing berbasis Sanger Method .

Gambar Proses Secuensing (http://sciencebiotech.net)

proses selengkapnya dapat dilihat pada Teknik DNA Secuensing, 2009. 

jurnal berikut adalah salah satu penerapan bioinformatika pada perikanan. jurnal tersebut mengenai SENSITIVITAS NESTED PCR TERHADAP DETEKSI DNA WSSV (WHITE SPOT SYNDROME VIRUS) PADA UDANG WINDU DAN VANAME. jurnal tersebut merupakan penelitian pembanding tingkat sensitifitas one step PCR denga nested PCR. hal tersebut dilakukan karena identifikasi wssv pada tingkat ringan menggunakan one step PCR tidak teridentifikasi. Deteksi DNA WSSV menggunakan metode one step PCR (PCR I) dan two step PCR (Nested PCR) dengan protokol dari Kit WSSV Nugen dan protokol secara manual. kemudian dilanjutkan dengan isolasi DNA udang, lalu amplifikasi DNA WSSV dilanjutkan dengan elektroforesis gel agarose. Keberadaan DNA WSSV dapat dideteksi dengan elektroforesis gel agarose setelah divisualisasikan dengan UV-transilluminator. sehingga didapat hasil bahwa penggunaan nested PCR mendapatkan hasil lebih sensitif terhadap wssv pada manual protokol maupun dengan penggunaan kit. Demikian ulasan yang bisa disampaikan, selanjutnya untuk keterangan lebih lanjut dapat didownload dengan mengklik judul jurnal tersebut :D.

Sumber :

http://aquafind.com/articles/Bioinfomatics-In-Fisheries.php

http://puguh90.blogspot.com/2010/07/wssv-tsv-dan-ihhnv-si-virus-lama-yang.html

http://sciencebiotech.net
http://www.scribd.com/doc/47098870/wssv
http://www.google.co.id

NCBI

Berikut ini sebuah artikel mengenai NCBI. Apakah NCBI tersebut??? serta kaitannya dengan akuakultur.

Tujuan

Artikel ini dibuat agar pembaca sekalian dapat mengetahui apa yang disebut ncbi melalui paparan penulis.

Pengertian NCBI

  NCBI adalah singkatan dari National Centre for Biotechnology Information, yaitu pusat nasional untuk kemajuan ilmu pengetahuan bioteknologi. NCBI merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. Akses cepat ke sumber daya yang digunakan oleh para ilmuwan NCBI untuk mengumpulkan dan menganalisis genom.

 National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM) yaitu sebuah cabang dari National Institutes of Health. NCBI didirikan pada tahun 1988, terletak di Bethesda, Maryland. NCBI diarahkan oleh David Lipman seorang tokoh yang dihormati di bioinformatika yang merupakan salah satu penulis asli dari program BLAST. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST co-penulis). David lipman, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif)

 NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

berikut adalah situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov.

Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Dari tools yang tersedia pada data base NCBI dapat mencari referensi peneliatian, dan mendukung materi lmiah sebuah penelitian. Keterkaitan perannya dalam akuakultur adalah penyediaan data baik jurnal penelitian atau artikel yang menyinggung bioteknologi molekuler makhluk hidup. Seperti pada identifikasi sebuah DNA ikan sehat dan ikan tidak sehat, identifikasi agent penyakit baru serta penemuan obat untuk mengatasinya. Contoh kasus dapat dilihat pada link berikut :

INFO IPTEK

Friday, October 8, 2010 Mengendus Pemalsuan Ikan lewat Analisis DNA

Di dalam http://www.ristek.go.id/

Kesimpulan

NCBI merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genom, dan menyebarkan informasi biomedikal yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi makhluk hidup dan kesehatannya. Hal tersebut memberikan informasi dan referensi sebuah penelitian terhadap perkembangan rekayasa akuakultur yang berkaitan dengan genetic dan identifikasi agent penyakit serta penemuan obat untuk mengatasi penyakit tersebut.

Sumber

http://en.wikipedia.org/wiki/National_Center_for_Biotechnology_Information

www.ncbi.nlm.nih.gov.

http://www.ristek.go.id/