Apa yang dimaksud bioinformatika??fungsi dan keterkaitannya dengan ilmu biologi dan informasi??. Sebelumnya bioinformatika ini terkait dengan posting sebelumnya yaitu NCBI yang merupakan salah satu aplikasi dari bioinformatika yang dibahas kali ini. Ulasan berikut diharapkan dapat membantu memberi informasi secara ringan dan
mudah dimengerti tentang materi bioinformasi, mengenai penjelasan dan fungsinya
serta dapat bermanfaat bagi pembaca sekalian.
Bioinformatika adalah
aplikasi teknologi komputer untuk manajemen informasi biologi. Komputer
berfungsi untuk mengumpulkan, menyimpan, menganalisis dan mengintegrasikan
informasi biologis dan genetik yang kemudian dapat diterapkan pada gen berbasis
penemuan obat dan pengembangan. Kelompok bioinformatika
terdiri dari ahli biologi komputasi dan bioinformatika ilmuwan computer (lembaga
pemerintah, perusahaan farmasi dan pihak intelektual universitas). Kelompok-kelompok
tersebut menjadi kunci untuk mempublikasikan informasi akurat dari data penelitian
laboratorium di seluruh dunia. Kegiatan yang dilakukan adalah
analisis dan organisasi untuk informasi. Dalam bioinformasi salah satu
kontribusi penting adalah pengurutan data base yang telah dibuat untuk ilmu
kehidupan. Singkatnya
Bioinformatika adalah disiplin teknologi ilmu yang relatif muda yang
menjembatani ilmu kehidupan yang meliputi biomolekuler dan ilmu komputer.
Apakah bioinformatics tools???
Bioinformatics
tools adalah program software untuk
menyimpan, mengambil dan analisis data Biologi dan penggalian informasi, yaitu: Homology and Similarity Tools, Protein
Function Analysis, Structural Analysis, Sequence Analysis. Alat penting bioinformatika
yang digunakan dalam akuakultur adalah
*BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) : untuk membandingkan urutan gen dan protein terhadap organisme
dalam database public.
*FASTA
: sebuah alat pencarian database yang digunakan untuk membandingkan urutan
nukleotida atau peptida ke database urutan.
*EMBOSS (European Molecular Biology Open Software
Suite) : perangkat lunak dengan sumber bebas, terbuka, serta paket analisis khusus dikembangkan untuk kebutuhan komunitas pengguna biologi
molekuler. Dalam emboss terdapat
sekitar 100 program untuk sequence
aligment, pencarian database dengan pola urutan, identifikasi protein dan analisis domain, analisis pola urutan nukleotida, analisis untuk penggunaan
kodon genom kecil, dan banyak lagi.
*Clustalw berfungsi sebagai program beberapa
urutan keselarasan umum untuk DNA atau protein.
*RasMol : alat penelitian akurat untuk menampilkan
struktur DNA, protein, dan molekul yang lebih kecil.
Cabang-cabang terapan bioinformatika:
1. Urutan analisis
2. Genom penjelasan 3. Komputasi evolusi biologi 4. Sastra analisis 5. Analisis ekspresi gen |
6. Analisis peraturan
7. Analisis ekspresi protein 8. Pemodelan sistem biologis 9. Tinggi-throughput analisis citra 10. Interaksi Molekuler 11. Prediksi struktur protein |
Masalah bioinformatika yang
hadapi saat ini adalah pengaturan heterogenitas data dianalisis, beranotasi,
dan ditampilkan serta kurangnya konektivitas antara data yang tersedia. informasi selengkapnya dapat dilihat pada link artikel berikut : Bionformatics in Fisheries
Aplikasi dari bioinformatika dalam bidang akuakultur atau perikanan budidaya adalah kita dapat mencari database seperti bank data genetik, jika penelitian atau pengamatan kita merupakan materi terkait dengan genetik atau biologi molekuler. contohnya adalah aplikasi PCR yang sering digunakan untuk identifikasi patogen pada udang. Metode PCR menggunakan prinsip analisa DNA sequencing berbasis Sanger Method .
Gambar Proses Secuensing (http://sciencebiotech.net)
proses selengkapnya dapat dilihat pada Teknik DNA Secuensing, 2009.
jurnal berikut adalah salah satu penerapan bioinformatika pada perikanan. jurnal tersebut mengenai SENSITIVITAS NESTED PCR TERHADAP DETEKSI DNA WSSV (WHITE SPOT SYNDROME VIRUS) PADA UDANG WINDU DAN VANAME. jurnal tersebut merupakan penelitian pembanding tingkat sensitifitas one step PCR denga nested PCR. hal tersebut dilakukan karena identifikasi wssv pada tingkat ringan menggunakan one step PCR tidak teridentifikasi. Deteksi DNA WSSV
menggunakan metode one step PCR (PCR I) dan two step PCR (Nested PCR) dengan protokol dari Kit
WSSV Nugen dan protokol secara manual. kemudian dilanjutkan dengan isolasi DNA udang, lalu amplifikasi DNA WSSV dilanjutkan dengan elektroforesis gel agarose. Keberadaan DNA WSSV
dapat dideteksi dengan elektroforesis gel agarose setelah divisualisasikan
dengan UV-transilluminator. sehingga didapat hasil bahwa penggunaan nested PCR mendapatkan hasil lebih sensitif terhadap wssv pada manual protokol maupun dengan penggunaan kit. Demikian ulasan yang bisa disampaikan, selanjutnya untuk keterangan lebih lanjut dapat didownload dengan mengklik judul jurnal tersebut :D.
Sumber :
Tidak ada komentar:
Posting Komentar