Materi ini masih terkait dengan bioinformatika, bioinformatika merupakan aplikasi teknologi komputer untuk
manajemen informasi biologi. Komputer berfungsi untuk mengumpulkan,
menyimpan, menganalisis dan mengintegrasikan informasi biologis dan genetik
yang kemudian dapat diterapkan pada gen berbasis penemuan obat dan pengembangan (Uraian selengkapnya). berbicara tentang bioinformatika dalam bidang akuakultur terkait dengan gen atau analisis DNA kultivan dan penyakit yang paling meresahkan adalah disebabkan oleh virus
Salah
satu contoh aplikasi yang sering sekali diterapkan adalah penggunaan PCR pada
pendeteksian penyakit pada udang, yang merupakan kultivan ekonomis penting. Bioinformatikan
tidak hanya diterapkan dalam aplikasi PCR. Namun yang saya ulas kali ini meliputi
upaya lain dalam penyediaan induk yang baik agar dapat menghasilkan keturunan
atau produk benih yang unggul. Jurnal yang saya coba ulas kali ini berjudul “Skrining Induk Udang Windu dengan Analisis PCR dalam Rangka Menunjang Program NSBC”.
Skrining
dilakukan untuk pemeriksaan terhadap suatu sampel untuk mengetahui
karakteristik tertentu atau penyakit tertentu sehingga sampel objek dapat
diperkirakan mengidap atau tidak mengidap penyakit. Hal tersebut dilakukan
dalam upaya pengendalian penyakit. Seperti
yang kita ketahui, dalam budidaya udang identik dengan serangan WSSV. Sehingga pada
jurnal tersebut diterapkan budidaya udang secara tertutup untuk memutus siklus
hidup virus, dan menggunakan benih SPF (Specifis Pathogen Free). Dalam penelitian ini BBPBAP Jepara sebagai UPT dipilih sebagai sentra pembenihan udang secara nasional. dan untuk mendapatkan benih yang sehat atau bebas virus dilakukan skrining dimulai dari induk. metode yang digunakan iyahlah pengambilan sampel hemolimfe dari udang yang baru datang (sampel diambil dari beberapa lokasi :NAD, Pangadaran dan NTB) sebanyak 2ml per indiv. dengan menggunakan nested PCR (seperti yang telah dijelaskan pada posting saya sebelumnya tentang keunggulan nested PCR). Tahapan yang dilakukan meliputi :1.Preparasi DNA dengan fenol (standart OIE 2003, chapter 4.1.2); 2. preparasi untuk amplifikasi PCR ; 3. elektroforesis. Hasil yang didapat adalah sampel udang windu NAD paling sedikit terdeteksi WSSV, dibandingkan dengan sampel dari daerah lainnya. jadi untuk induk yang baik dengan SPF, dapat digunakan induk yang berasal dari NAD, karena ketahanan terhadap virus relatif lebih baik. untuk prosedur secara lengkap dapat dilihat pada JURNAL.
sumber:
